藥師佛的緣起
在兩千年前的古印度，文殊師利菩薩在釋迦牟尼佛前請法，祈請佛陀能夠慈悲開示，在末法時期，可以讓所有眾生受持佛的名號及本願功德，使他們得到更好的利益與救度。
佛陀遂慈悲開示，指出末法時期一切眾生可以依止的一位佛陀，那就是藥師琉璃光如來，我們習慣稱之為藥師佛。
很多人對南無阿彌陀佛及西方極樂世界都耳熟能詳，但是對南無藥師佛和他的東方琉璃世界卻相對地陌生。無論阿彌陀佛還是藥師佛，都是我們娑婆世界的佛陀，这是釋迦牟尼佛在他的講法中告訴我們的。在佛教，釋迦牟尼佛、藥師佛、阿彌陀佛這三位不同空間的佛陀，被稱之為橫三世佛。

藥師佛的大願與人間佛教
在藥師佛行菩薩道、尚未成佛之時，曾經發下十二大宏願，願來世成就菩提時，用自己的願力，來救助現世眾生的困苦，讓所有人都能夠離苦得樂、去惡從善。
藥師佛第一大願：願我來世得阿耨多羅三藐三菩提時，自身光明熾然，照耀無量無數無邊世界，以三十二大丈夫相、八十隨形，莊嚴其身；令一切有情，如我無異。
藥師佛第二大願：願我來世得菩提時‧身如琉璃‧內外明徹。淨無瑕穢‧光明廣大。功德巍巍‧身善安住。焰網莊嚴，過於日月‧幽冥眾生，悉蒙開曉。隨意所趣，作諸事業。
藥師佛發的第一、第二大願：願我來世成佛的時候，身如琉璃‧內外明徹，光明無比，照耀到無數無量無邊的世界，被照耀到的一切眾生，都能夠和我一樣，沒有任何差別，身心光明無比，并且根据自己的意愿，在不同的岗位上从事各自的事业，得大成就、大覺悟。
藥師佛的大願，體現的正是佛教極力推崇並宣導的「無緣大慈，同體大悲」的大慈大悲精神。
藥師佛第三大願：願我來世得菩提時，以無量無邊智慧方便，令諸有情，皆得無盡所受用物，莫令眾生有所乏少。
藥師佛發的第三個大願：願我來世成佛時，用無量無邊的智慧和方便，讓所有的眾生，他們需要的任何東西都受用無窮，要什麼有什麼，沒有任何的缺少。
古往今來，中外皆然，都以追求人人平等、物質精神極大豐富的大同世界為最高理想。而藥師佛大願所體現的，也正是這樣的一個目標。
在很多人看來，佛教信仰本身乃至佛教的修行，都是一種消極甚至是避世的表現，但是從藥師佛的大願中我們可以看到，他對現世眾生生存利益的關注─這才是佛教精神的真正體現。
如果說阿彌陀佛的大願著重的是對眾生死的關懷，那麼藥師佛的十二大願，著眼的則是對我們所有生命無微不至的生的關懷，處處體現的都是不離世間、利益當下。而不是很多人所認為的是一種迷信，是一種消極和逃避。

菩提法門就是藥師法門
菩提法門，即是以人為本的藥師法門，是慈悲普度之門，是覺悟之門！
在上師出山之前, 一次搭火車出行，來自四川的一位藏傳佛教大德，認證金菩提上師為阿壩州金佛寺的轉世活佛，希望上師能夠回去坐床，繼承活佛之位。上師當時講：「佛之心願，在人間現身說法。一人離苦得樂為悲，眾人離苦得樂為喜。我等在人間度人，已為享受，故不敢出世自享。」
金菩提上師的這番「一人離苦得樂為悲，眾人離苦得樂為喜」的表述，跟藥師佛「自己光明，也要讓一切眾生和我一樣光明」的大願是多麼地相似！
在菩提法門的修持當中，大光明修持法是根本修持法之一，而修持的目的，就是為了獲得身光明和心光明。在金菩提上師看來，身心都修得光明了，自性才會顯現，才能證悟菩提。
此一身心光明的過程，則是行菩薩道的過程，金菩提上師把這個過程，以「燃燈」來形容：以一燈燃百燈，百燈燃燈千千萬，自明明他，他更明。
金菩提上師所傳授的方法簡單易學，從每個人的健康入手，在很短的時間內，就可以讓修持者的身體健康獲得顯著提升，「菩提禪修，帶給您身心靈的健康」已經是越來越多菩提法門的修持者一致的感受。
藥師佛第七大願：願我來世得菩提時，若諸有情，眾病逼切，無救無歸，無醫無藥，無親無家，貧窮多苦。我之名號一經其耳，眾病悉除，身心安樂，家屬、資具悉皆豐足，乃至證得無上菩提。
藥師佛的第七大願：願我來世成佛時，如果有眾生，受病痛煎熬，沒有人可以救他，給予他幫助和寄託，讓他備受貧窮之苦，沒有能力或者沒有醫生為他治病，負擔不起或者沒有藥物可以治療他的疾病，更沒有任何的親人和家屬。這樣的眾生，一旦能夠聽到我的名號，他所有的病痛都會消除，身心得以安樂，一切缺失都得以富足，直到成就無上菩提。
藥師佛因其大願，又被稱為大醫王，他的第七大願，真實無餘地呈現他為眾生療病去苦的悲願。
2005年8月也是機緣所致，當金菩提上師在禪境中回到了藥師琉璃光如來的東方淨琉璃世界後，更加認定和確信上師傳法度眾所做的一切，其實都是在實踐和成就藥師佛的十二大願。
上師在一次講法中說：「我這一世來傳法的目的，就是為了實踐藥師佛的十二大願。在今世，把藥師佛的願望承接過來，以藥師佛的願望作為我的願望，要真正實現藥師佛關注現世，利益眾生的宏偉大願！」
目前所有因修持菩提法門獲得身心健康、光明的同修，不就是在親身感受著藥師佛第七大願所帶給他們的真實利益嗎？
那麼多菩提受益者，正以自身的實際修持，按照金菩提上師的要求去行菩薩道，讓更多人也能受益，豈不正是在實踐著「以一燈燃百燈，百燈燃燈千千萬，自明明他他更明」的自利、利他的佛教精神嗎？
藥師佛和他的十二大願，讓我們認識了「佛法不離世間法」的真正佛教內涵；而上師和他的菩提法門，也讓我們看到了人間佛教的利益眾生的希望，更為我們開啟了實踐藥師佛十二大願的真正通道，那是通往健康之路，是通往光明之路，是通往慈悲之路，更是通往東方琉璃世界的永恆之路。